În primul deceniu al secolului XIX, proprietarul moşiei Ruginoasa – vistiernicul Sandu Sturza – clădeşte un palat în stil neoclasic, ce avea să fie prefăcut mai apoi după arhitectura stilului gotic.
Aşa cum era obiceiul, el ridică alături, în 1811 biserica actuală, pe locul unde a fost o biserică de lemn. Acest lucru rezulta din pisania aşezată la intrare şi care s-a distrus în timpul celui de-al doilea razboi mondial.
Pe clopotul mare, ce a servit biserica din 1817 şi care astăzi este piesă de muzeu, se află o inscripţie ce arată aceleaşi date despre ctitorii şi anul ridicării bisericii.
Biserica a fost renovată în mai multe rânduri: în anul 1873, când au fost aduse şi înhumate lângă biserică rămăşiţele pământeşti ale Domnitorului Alexandru Ioan Cuza, apoi în anii 1907-1908, când Doamna Elena Cuza face un cavou în biserică, unde aşează osemintele Domnitorului unirii şi a celor doi fii adoptivi, Alexandru şi Dumitru, iar în anii 1955-1958 a fost reparată după deteriorările din timpul războiului. Între anii 1986-1989 s-a executat pictura actuală a bisericii.
Osemintele Domnitorului Alexandru Ioan Cuza nu mai sunt în cavoul din biserică – aşa cum dorise el – întrucât au fost luate în timpul celui de-al doilea război mondial şi duse la Mănăstirea Cozia, iar la înapoiere, biserica fiind distrusă parţial au fost aşezate la biserica Trei Ierarhi din Iaşi unde se află şi in prezent.